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==醫師生涯== 於臺大醫院擔任「急診」與「重症加護」工作11年後,為研究器官移植,決定赴美進修。1993年,至美國[[明尼蘇達大學]]醫學院外科進修1年,研究「人工肝臟」。1994年返國,回到急診室工作,同時進入臺灣大學醫學研究所博士班。經臺大醫院外科主任朱樹勳指派,柯文哲建立起臺大器官移植小組,並以心臟移植為目標。為增加移植成功率,柯文哲率先從美國引進[[葉克膜]]技術。其所負責的創傷急救團隊,將病患存活率從19%提高到51%,並曾於2008年1月30日創下讓病患連續使用葉克膜117天再移除,成功復原的世界紀錄<ref>{{cite news|url=http://www.nownews.com/2008/01/30/545-2225188.htm|title=奇蹟!裝葉克膜達117天成功存活 台大創全球紀錄!|author=蔣文宜|date=2008年1月30日|publisher=ETtoday|accessdate=2008年1月30日}}</ref>。1999年11月起,任臺大醫院器官移植管理委員會委員兼執行秘書,并兼任器捐勸募小組負責醫師職務,柯文哲參考美國標準醫療程序及臺灣醫療技術,在臺大醫院建立了「標準器官移植程序」,以維持器官移植手術的水準,增加病人存活率。後經[[衛生福利部|衛生署]]推廣至全國。2000年後,至中國大陸參加多次醫學會議,將葉克膜技術傳入中國大陸<ref>{{cite news|url=http://cass.its.taiwan.cn/zjlc/xyp/201509/t20150922_10715192.htm|title=“怪医”市长柯文哲 |author=徐亦鹏|date=2015-09-22|publisher=中国社会科学院台湾研究所|accessdate=2017年1月26日}}</ref>。 2002年,取得國立臺灣大學醫學院臨床醫學研究所醫學博士。2002年6月6日衛生署成立「財團法人器官捐贈移植登錄中心」,同年因為當時全台灣只有柯文哲一個人同時了解[[器官捐贈]]與心、肺、肝、腎、胰臟等[[器官移植]]兩大領域知識,於是接受衛生署醫政處委託,與台大資訊室掛名專案方式,建立網路器官捐贈登錄制度,並由柯文哲執行。<ref name = "白色的力量-柯文哲: 我改變不了四季的變化,只能讓其盡善盡美_2014"> {{ cite book | title = 白色的力量-柯文哲: 我改變不了四季的變化,只能讓其盡善盡美 | url = https://books.google.com.tw/books?id=f7FaDwAAQBAJ&printsec=frontcover&hl=zh-TW#v=onepage&q&f=false | publisher = 三采文化股份有限公司, 2014 | author = 作者: 柯文哲 | isbn = 9789862299678 | language = zh-tw | date = 2014-01-17 }} </ref>2005年,[[器官捐贈移植登錄分配系統]]上路,其中的檢驗程序、表格設計、配對規則、電腦系統軟硬體,以及[[器官勸募組織]]的制度,主要由柯文哲負責主導及規劃。臺灣的器官捐贈及移植制度在此後建立。 2006年7月15日,柯文哲於《[[民生報]]》撰文 《反省、認錯、道歉 談[[趙建銘]]案》<ref>{{cite web|url=http://love.pchome.com.tw/story/content.html?Flow_no=70859&first=r&type=r0172710&my=&no=7085|title=反省、认错、道歉 谈赵建铭案/ 柯文哲|date=2006-07-14|accessdate=2016-03-27}}</ref><ref>{{cite news|title=反省、认错、道歉 谈赵建铭案|publisher=民生报 |date=2006-07-03 |author=柯文哲(台大医院外科加护病房主任)}}</ref>,自此受媒體注意,有時訪問他對政治事件的看法。11月18日,[[臺中市市長]][[胡志強]]妻子[[邵曉鈴]]在輔選行程中,因廂型車車禍陷入深度昏迷,柯文哲建議胡志強安裝葉克膜,並指派臺大急救小組安裝葉克膜,使邵曉鈴存活率提高,最終得以存活康復<ref>{{cite news |language = zh-tw |author=廖盈婷|url =http://www.tvbs.com.tw/news/news_list.asp?no=suncomedy20061122120212 | title =搶救邵曉鈴/電話「遙控」病情 柯文哲:病情樂觀| publisher =TVBS | date =2006年11月22日 | accessdate =2013年5月31日}}</ref><ref>{{cite news| language =zh-tw| author =王昶閔| url =http://www.libertytimes.com.tw/2010/new/sep/19/today-life6.htm| title =《人物專訪》不看診 不開刀 柯文哲救人無數| publisher =自由時報| date =2010年9月10日| accessdate =2013年5月31日| deadurl =yes| archiveurl =https://web.archive.org/web/20130507141410/http://www.libertytimes.com.tw/2010/new/sep/19/today-life6.htm| archivedate =2013年5月7日}}</ref>。在新聞媒體報導下,柯文哲成為知名人物。 2010年,自美國引進整合醫療照護觀念,在臺大醫院成立整合醫療照護,希望達到降低醫療支出、改善醫療品質與醫護生活品質的目標。11月26日,[[1126槍擊事件|連勝文槍擊案]]發生,柯文哲指揮外科急救團隊,在臺大醫院醫療團隊配合下,積極搶救[[連勝文]],由於連勝文復原迅速,一度引發槍擊造假的傳聞,對此柯文哲出面駁斥此傳聞<ref>{{cite video |language = zh-tw |url =https://www.youtube.com/watch?v=Au62rXgkBbs | title =枪伤被质疑 柯文哲:没造假| publisher = 民视新闻 | date =2010-11-30 | accessdate =2016-03-27}}</ref>。 2011年8月24日,臺灣發生首例的[[臺大醫院失誤移植愛滋病患器官案|愛滋病患者器官移植案]]<ref>{{cite news|url=http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20110828/33628889/ |title=台大醫院闖大禍 誤移植愛滋器官 |publisher=Appledaily.com.tw |date=2003-05-02 |accessdate=2014-08-03}}</ref><ref>{{cite news|url=http://gsrat.net/news/newsclipDetail.php?ncdata_id=7662 |title=愛滋器官移植 醫護恐慌家屬怒 |publisher=Gsrat.net |date= |accessdate=2014-08-03}}</ref>。由柯文哲負責的臺大醫院器官移植團隊將[[愛滋病]]患者器官移植给了五名病人<ref>{{cite web |url=http://www.libertytimes.com.tw/2011/new/aug/28/today-t1.htm |title=存档副本 |accessdate=2011-08-31 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20110828093708/http://libertytimes.com.tw/2011/new/aug/28/today-t1.htm |archivedate=2011-08-28 }}. 台大疏失 5人誤移植愛滋器官.</ref>。衛生署認定柯文哲有督導之責,對他進行懲處。2012年,監察院認為器官移植辦法由柯文哲擬定,認定柯文哲應負「嚴重行政疏失責任」,通過彈劾案,[[公懲會]]決定懲處「降兩級改敘」。但柯文哲為公立學校([[國立臺灣大學醫學院|臺大醫學院]])教師身份,[[朱武獻]]認為據1992年大法官解釋,柯文哲非《[[公務員服務法]]》規範的公務員,監察院與公懲會應無管轄權<ref>〈大法官會議釋字第308號解釋〉:「公立學校聘任之教師係基於聘約關係,擔任教學研究工作,與文武職公務員執行法令所定職務,服從長官監督之情形有所不同,故聘任之教師應不屬於公務員服務法第二十四條所稱之公務員。惟此類教師如兼任學校行政職務,就其兼任之行政職務,仍有公務員服務法之適用。」</ref><ref>{{cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/life/paper/706848|title=朱武獻︰公懲會違法 柯文哲可聲請再審|author=鄒景雯、魏怡嘉|date=2013年8月21日|publisher=自由時報|accessdate=2015年1月18日}}</ref>。臺大醫院在收到監察院公文後,決定扣薪處份。其妻[[陳佩琪]]醫師對此感到不滿,於8月20日召開記者會批評臺大,部份醫界人士對柯文哲進行連署聲援。 2012年6月,柯文哲等醫界人士組成[[陳水扁]]民間醫療小組,並由柯文哲擔任召集人,該小組判定陳水扁身體狀況不佳並發起連署,希望法務部能讓扁保外就醫<ref>[http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20120620/34311905/ 扁保外就醫 柯文哲推連署]</ref><ref>{{cite news|url=http://www.nownews.com/n/2013/05/28/261785|title=專訪/柯文哲:陳水扁有沒有罪 我…真的講不出來|date=2013-05-28}}</ref><ref>{{cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/1000172|title=扁已包尿布 柯文哲:該讓他回家|date=2014-05-03 }}</ref><ref name="youtube1"/>。2017年9月30日,由於柯文哲在節目中稱「他(陳水扁)一開始是裝的,後來變成真的病」,因而被陳水扁民間醫療小組免除召集人一職<ref>[http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/2209598 說阿扁裝病 柯P遭扁醫療小組開除召集人身分]</ref>,而且此番言論遭到民眾檢舉。2018年6月,[[臺北市政府衛生局|台北市衛生局]]依違反《醫師法》裁罰柯文哲2萬元罰鍰。 2013年5月1日,柯文哲收到[[法務部調查局]]臺北市調查處公函,將他列為[[大專院校教授涉挪用國科會補助款弊案]]的犯罪嫌疑人<ref>[http://npo1140.npo.nat.gov.tw/index.php?mod=news&aid=246 臺灣大學逾120名教授涉虛報研究費] {{webarchive|url=https://archive.is/20130706152709/http://npo1140.npo.nat.gov.tw/index.php?mod=news&aid=246 |date=2013-07-06 }}</ref><ref>{{cite news|url=http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20130505/34996952/ |title=列貪瀆疑犯 柯文哲氣炸 |publisher=Appledaily.com.tw |date=2003-05-02 |accessdate=2014-08-03}}</ref>。5月10日,柯文哲前往臺北市調查處接受約談,在約談中他表示有三個國科會研究計畫,許多項目混合,但發票與報帳是由助理處理,並非由他負責<ref>{{cite web |url=http://www.chinatimes.com/realtimenews/20130510003173-260401 |title=存档副本 |accessdate=2014-01-09 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20150701122028/http://www.chinatimes.com/realtimenews/20130510003173-260401 |archivedate=2015-07-01 }}貪國科會補助?柯文哲:助理處理的</ref>。在約談後,檢方並未起訴柯文哲,柯文哲對約談舉動不滿,認為是司法選擇性辦案<ref>沈能元.[http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20130505/34996952/ 列貪瀆疑犯 柯文哲氣炸].蘋果日報.2013-05-05</ref>,國科會補助弊案是制度設計錯誤使然<ref>[http://www.ettoday.net/news/20130601/215924.htm 批教授接受起訴太懦弱! 柯文哲:研究費早該無罪].ETtoday新聞雲.2013-06-01 </ref>。因對公立大學教授是否為「公務員保險法」、「國家賠償法」、「貪污治罪條例」上所稱的「授權公務員」,輿論看法不一,最高法院也未做出統一見解。<ref>{{cite news|url=http://www.chinatimes.com/newspapers/20130430000194-260205 |title=授權公務員爭議 檢聲請統一見解 |publisher=Chinatimes.com |date= |accessdate=2014-08-03}}</ref><ref>{{cite news|url=http://lawtw.com/article.php?template=article_content&parent_path=,1,2169,1481,&job_id=193052&article_category_id=2287&article_id=112731 |title=最高法院就學理上「授權公務員」重大法律爭議開庭新聞稿 |publisher=Lawtw.com |date=2012-07-18 |accessdate=2014-08-03}}</ref>最高檢在2014年10月3日針適用對象除了教授涉詐國科會補助款、還包括MG149帳戶等執行3項國科會研究計畫,總長裁示公立大學教授不具《刑法》的公務員身分,不依貪污罪偵辦。<ref>{{cite news |language = zh-tw |author= |url =http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20141003/481064/| title =柯P團隊涉詐補助款解套 檢定調非貪污|publisher =《蘋果日報》 | date =2014-10-03 | accessdate =2014-10-03 }}</ref> 2013年6月,柯的學生臺大醫院急診部主治醫師曾御慈遭一酒駕闖紅燈的汽車業務員詹震山撞擊,送至[[亞東醫院]],柯文哲雖至該院指揮急救,但最終仍宣告不治<ref>{{cite news|author=生活中心/綜合報導|title=曾御慈腦死 柯文哲:孩子,原諒我!老師盡力了|url=https://www.ettoday.net/news/20130531/215142.htm|language=zh-hant|accessdate=2018-07-11|newspaper=《[[ETtoday新聞雲]]》 |date=2013-05-31}}</ref><ref>{{cite news|author=生活中心/綜合報導|title=柯文哲愛徒曾御慈遭酒駕撞飛2公尺 台大醫師集氣|url=https://www.ettoday.net/news/20130531/215102.htm|language=zh-hant|accessdate=2018-07-11|newspaper=《[[ETtoday新聞雲]]》 |date=2013-05-31}}</ref><ref>{{cite news|author=生活中心/綜合報導|title=台大仁醫曾御慈想去非洲行善 酒駕...讓她腦死夢碎了|url=https://www.ettoday.net/news/20130531/215126.htm|language=zh-hant|accessdate=2018-07-11|newspaper=《[[ETtoday新聞雲]]》 |date=2013-05-31}}</ref>。柯文哲在此事件後成立[[台灣酒駕防制社會關懷協會]],投入酒後駕車防治。2013年8月,經監察委員[[黃煌雄]]邀請,至[[中國大陸]][[北京市]]參加蔣渭水學術研討會,會議後與黃煌雄一同探訪[[延安市]]。
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