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=== 新竹清華時期 === 1949年[[中華人民共和國]]成立,[[中華民國政府]]遷守臺灣。梅校長赴歐,後往[[紐約]]與[[中華教育文化基金董事會]]會商清華基金保管及運用事宜。自1951年開始以清華基金利息協助在美學人研究,並贈送學術書刊儀器給[[台灣|臺灣]]專科以上學校。1955年,「[[中美合作研究原子能和平用途協定]]」正式簽字,政府決定設立原子科學研究機構,發展原子科學之研究,乃電召[[梅貽琦]]校長返國籌議。並於同年12月,由行政院組設「國立清華大學研究院籌備委員會」,以教育部長[[張其昀]],清華大學校長[[梅貽琦]],國防、外交、財政、經濟四部代表,暨[[蔣夢麟]]、[[浦薛鳳]]、[[錢昌祚]],[[陳雪屏]]、[[錢思亮]]、[[金開英]]、[[洪紳諸]]先生為委員。 1956年1月1日,即在[[台北|臺北]]成立籌備處,以[[陳可忠]]為主任;清華在臺復校工作由此開始<ref>{{cite web |url=http://archives.lib.nthu.edu.tw/history/doc/4/4-03-05-04.pdf |title=存档副本 |accessdate=2011-11-04 |0=2016-03-05 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160305050050/http://archives.lib.nthu.edu.tw/history/doc/4/4-03-05-04.pdf |archivedate=2016-03-05 }}</ref>。清華原先計畫在[[台北|臺北]][[南港區|南港]]與新竹擇一選校地,但因南港腹地較小,再加上時任[[新竹縣長]][[朱盛淇]]的爭取,清華選在新竹赤土崎建校。校地由[[中國石油公司]]提撥約40[[公頃]]的原[[日本海軍]]燃料廠土地,在[[原子爐]]開工後,需要更多校地,因此新竹縣長朱盛淇同意再撥約33公頃土地,此時的清華校地共約78公頃<ref name=新竹清華時期 >{{Cite web |url=http://archives.lib.nthu.edu.tw/history/history01.html|title=新竹清華時期(1956-)|accessdate=2016-11-01 |author= |year=2008 |work=國立清华大学 |publisher=|language=zh }}</ref>。 1956年清華[[在台復校|在臺復校]]後首次招生,因校舍還未完工,以[[國立臺灣大學]]為上課地點,至此清華校務在臺正式運行。1957年,清華在新竹的教學大樓、辦公大樓、教職員工宿舍、學生宿舍等相繼完工,學生於是返回新竹上課。1961年原子爐興建工程完工,此原子爐[[土木工程]]部分由校友華泰[[建築師]][[張昌華]]負責設計,機械裝置則由[[中國石油公司|中油]]、[[台灣電力公司|臺電]]、[[台灣鋁業公司|臺灣鋁業公司]]分別派員操作,並得到[[中華民國經濟部|經濟部]]聯合工業研究所的協助,是臺灣第一次由產官學界共同完成的成果<ref name=新竹清華時期/>。 1962年5月19日,梅校長病逝於[[台大醫院|臺大醫院]]後,校務暫由[[教務長]]陳可忠代理,1965年陳可忠正式擔任校長,在其任內增設了[[數學]]、[[核工]]、[[物理]]、[[化學]]系所,增長了清華的教學組織;1968年,清華圖書館(紅樓)啟用,隨後體育館、大禮堂與新校門等相繼落成;1969年,清華與[[國立交通大學|交大]]聯合舉辦首次的「[[梅竹賽|梅竹錦標對抗賽]]」,同年7月陳校長退休,由[[閻振興]]校長繼任。<ref name=新竹清華時期/> 1970年9月,閻校長調任至臺大,繼任校長為[[徐賢修]]。1973年,經教育部核准,成立工學院、理學院與原子科學院,清華從原本的原子科學所擴張為理工大學。1975年,[[張明哲]]擔任清華校長,在其任內,清大為了整合全校研究及對外合作,規劃成立研究發展委員會。1980年大學部增設中國語文學系,清華逐漸邁向綜合大學之路。<ref name=新竹清華時期/> 1981年[[毛高文]]校長任內,正式設置(1995年修訂清大組織規程時,納入正式編制,更名為研究發展處),是[[台灣|臺灣]]各大學中第一個研究發展行政單位,下設各研究中心。1983年為配合推動國防科技發展,與中山科學院合作成立自強科學研究中心,為推動跨院所系的教學與研究,成立校內原子科學技術發展中心及科學儀器中心。1984年依[[行政院]]「加強培育及延攬高級科技人才方案」,成立材料科學中心,為全臺大學中四大重點科技中心之一。之後陸續成立電腦與通訊科技研發中心(1994年)、積體電路設計技術研發中心(2000年)、奈米與微系統科技中心(2001年)、腦科學研究中心(2002年)、當代中國研究中心(2003年)、能源與環境研究中心(2004年)等校級研究中心。 清大為執行「[[發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫]]」、整合清華重點領域研究,於2006年[[陳文村]]校長任內,合併材料科學中心、奈米與微系統科技中心成為奈微與材料科技中心,成立生物醫學科技研發中心(2007年)、人文社會研究中心(2007年)、基礎科學研究中心(2008年)。此外,1997年[[行政院國家科學委員會]]在清大校園中,設有[[國家理論科學研究中心]],分為數學組與理論物理組,與校內、外學者互動頻繁;清大為鼓勵研究成果轉為產業價值,1999年成立創新育成中心,績效優異。<ref>[http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/97news/hotnews-971003.php 「孕育新業,成就夢想」--清大創新育成中心歡慶十週年] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20110630142343/http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/97news/hotnews-971003.php |date=2011-06-30 }}</ref> 清大為給學生先入學、瞭解志趣後再選系之機會,在[[陳文村]]校長任內,推行各學院院招生,強調跨院系教育、大一不分系,於2006年先增設理學院、科技管理學院學士班,逐年推至各學院,迄2009年,全校所有學院均設有院招生學士班。另外在2008年陳校長任內,創立[[台灣|臺灣]]第一個強調住宿學院(Residential College)教育的「清華學院」,擷取世界頂尖大學住宿學院之精神,融合清華特色,帶給清華學子嶄新的學習與校園生活環境。<ref name="清華學院">{{Cite web|url=http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/97news/hotnews-970121.php|title=擷取住宿學院精神‧融和清華特色--本校成立「清華學院」|accessdate=2016-11-01|author=|year=2008|work=國立清华大学|publisher=|language=zh|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160804071009/http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/97news/hotnews-970121.php|archivedate=2016-08-04}}</ref> 1980年代以來,兩岸清華交流日漸頻繁;1995年[[沈君山]]校長率團訪問北京清華,簽定「海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄」,交往日益熱絡;2009年[[陳文村]]校長再次率團訪問北京清華,簽定「兩岸清華大學學術交流與合作備忘錄」暨「兩岸清華大學教師與學生交流協議」,除加強兩校之師生、學術交流外,並各自提撥基金,支持兩岸清華共同研究計畫之進行<ref>[http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/99news/hotnews-990104.php 本校與北京清華大學簽訂合作協議] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160304212455/http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/99news/hotnews-990104.php |date=2016-03-04 }}</ref>;次年北京清華[[顧秉林]]校長率團回訪新竹清華,兩岸清華交流與合作更加密切。<ref>[http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/99news/hotnews-990317.php 北京清華顧秉林校長率團來訪 共商百年校慶及雙邊合作] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20110630152912/http://www.nthu.edu.tw/newsphoto/99news/hotnews-990317.php |date=2011-06-30 }}</ref> 2006年以來,在[[教育部]]推出的「[[發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫]]」及「[[邁向頂尖大學計畫]]」清大獲選為重點補助的學校,正穩健地邁向世界一流學府之林。
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