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===1986年~2006年=== *1987年 **8月,毛校長調任[[中華民國教育部|教育部]]部長,該校校長由[[劉兆玄]]先生繼任。增設社會人類學研究所碩士班及原子科學研究所博士班。 *1988年 **8月,增設統計學研究所、經濟學研究所碩士班。計算機管理決策研究所更名為資訊科學研究所。 *1989年 **8月,增設文學研究所碩士班、統計學研究所博士班及輻射生物研究所博士班。 *1990年 **8月,增設資訊工程學系及語言學研究所博士班。 *1991年 **5月9日,發生[[獨立台灣會案|獨立臺灣會案]],[[法務部調查局]]幹員在未知會校方的情況下進入校園,拘提歷史研究所碩士生廖偉程,引發臺灣社會與大學校園劇烈反彈。來自全國各大學的學生罷課並於[[台北車站|臺北車站]]靜坐抗議,要求「廢除懲治叛亂條例、反對政治迫害」;17日[[立法院]]通過廢除[[懲治叛亂條例]],廖偉程等四人獲得交保釋放;20日,知識界、社運界與[[民主進步黨]]發動萬人遊行抗議,要求軍警特退出校園;24日,中研院院士[[李鎮源]]等人成立「一〇〇行動聯盟」,促成廢除《刑法》第一百條。 *1991年 **8月,增設生物醫學研究所碩士班及全臺第一個生命科學系。 *1992年 **5月,共同學科改為通識教育中心。 **7月,增設生命科學院,同時將生命科學系、生命科學研究所、生物醫學研究所改隸於生命科學院。 **8月,增設原子科學系。 *1993年 **2月,[[阿岡諾反應器]]除役工程開始,全程約費時2個月。 **2月27日,[[劉兆玄]]校長調任[[中華民國交通部|交通部]]部長,校務由教務長[[李家同]]先生暫行代理。 **12月,化工新館落成。 *1994年 **1月28日,新任校長[[沈君山]]先生就任為首任經由遴選產生之校長。 **8月,增設工程管理研究所碩士班、哲學研究所碩士班、文學研究所博士班。 *1995年8月,設立教育學程。配合新大學法調整所系架構,將研究所併入性質相近學系。 *1996年,成立電子工程研究所碩士班、博士班,歷史研究所博士班,及社會人類學研究所人類學組博士班。 *1997年8月,成立生物技術研究所(碩士班),行政院國家科學委員會在清大設立[[國家理論科學研究中心]]。 *1998年2月,新任校長[[劉炯朗]]上任。成立電機資訊學院,設有資訊工程學系、電、機工程學系電子研所。輻射生物研究所併入生命科學系,社會人類研究所分設為社會研究所碩士班與人類學研究所碩士班、博士班。工業工程學系改名為工業工程與工程管理學系。 *1999年8月,成立通訊工程研究所碩士班、博士班。 *2000年8月,成立科技管理學院,設有科技管理研究所、科技法律研究所、計量財務金融學系。臺積電捐贈1.8億元興建科管院,臺積電副董事長曾繁城也以個人名義捐助1500萬元。 *2001年 **1月,臺達電子董事長鄭崇華捐贈100萬股臺達電股票,成立孫運璿科技講座 **8月,成立天文研究所碩士班、資訊系統與應用研究所碩士班。 **11月,旺宏電子捐贈3億元,協助興建「旺宏學習資源中心」。 *2002年 **2月,新任校長[[徐遐生]]上任。 **8月,成立微機電系統工程研究所碩、博士班、臺灣文學研究所碩士班,人文社會學士學位學程,生命科學院調整為生命科學系、分子與細胞生物研究所碩、博士班、分子醫學研究所碩、博士班、生物資訊與結構生物研究所碩、博士班、生物科技研究所碩、博士班。 *2003年,創設[[還願獎學金]]。 **8月,資訊工程學系學士班新增第3班、物理系學士班增設光電物理組、成立光電工程研究所碩、博士班及工業工程與工程管理碩士在職專班。 *2004年 **1月,與[[新竹縣政府]]簽署協議書共同推動設立第二校區。 **8月,成立經濟學系博士班及社會學研究所博士班。 *2005年,獲教育部補助「[[發展國際一流大學及頂尖研究中心計劃]]」,前兩年(2006年、2007年)每年新臺幣10億元。 **2月,電機資訊學院產業研發碩士積體電路設計專班成立。 **8月,宜蘭園區籌備處成立;增設資訊系統與應用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工學院產業研發碩士光電科技專班;經濟學系由人文社會學院改屬科技管理學院。 *2006年 **2月,新任校長[[陳文村]]上任。 **4月29日,在臺建校五十週年校慶;清華網站《首頁故事》創刊。 **6月,材料科學中心與奈米微系統中心合併為奈微與材料科技中心,校務會議通過「國立清華大學教師學術卓越獎勵辦法」及「國立清華大學講座及特聘教授設置辦法」。 **7月,歷史所黃一農教授、材料系陳力俊教授獲選為[[中央研究院]]院士。 **8月,原子科學系更名為生醫工程與環境科學系,成立臺灣研究教師在職進修碩士學位班、理學院學士班、科技管理學院學士班;修正組織規程,秘書室調整為秘書處,下設綜合業務組、議事及法規組、公共事務組、國際事務中心與校友服務中心。 **9月,首創「[[繁星計畫]]」大學甄試入學機制,獲教育部推廣;清華會館正式啟用。 **10月,召開第一次校務發展諮詢委員會議。
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